Το νέο σύστημα προβλέπει ακόμη ότι ποσά από αποτυχημένες συναλλαγές θα επιστρέφουν στους αντίστοιχους λογαριασμούς διαθεσίμων, ενώ δημιουργείται ειδικός λογαριασμός για επιστροφές και ανακτήσεις ποσών από δικαιούχους. Νέο πλαίσιο για τη διαχείριση και την καταβολή των αγροτικών ενισχύσεων τίθεται σε εφαρμογή, με το άνοιγμα επτά τραπεζικών λογαριασμών στην Τράπεζα της Ελλάδος και την αρχική χρηματοδότηση του συστήματος πληρωμών με 500 εκατ. Η σχετική απόφαση του υφυπουργού Εθνικής Οικονομίας Θάνου Πετραλιά που δημοσιεύθηκε στο ΦΕΚ αφορά στη διαχείριση των χρηματοροών του Ειδικού Λογαριασμού Εγγυήσεων Γεωργικών Προϊόντων (ΕΛΕΓΕΠ). Το νέο σύστημα καλύπτει τόσο το Ευρωπαϊκό Γεωργικό Ταμείο Εγγυήσεων (ΕΓΤΕ) όσο και το Ευρωπαϊκό Γεωργικό Ταμείο Αγροτικής Ανάπτυξης (ΕΓΤΑΑ).